Pathogenicity islands (PAI) adalah gugus (cluster) gen-gen yang berhubungan dengan sifat patogenisitas dari suatu bakteri patogen. PAI memiliki ukuran bervariasi, dari hanya beberapa Kb sampai dengan 500 Kb. Ukuran 500 Kb ditemukan misalnya pada M1 yang membawa gen-gen untuk simbiosis. Gen-gen pada pathogenicity islands bersifat/ciri :
PAI umumnya terdapat di dalam kromosom (suatu wilayah/bagian dari kromosom), tetapi dapat juga terdapat di dalam plasmid (wilayah/bagian dari plasmid). PAI mengandung gen-gen yang menyandikan faktor patogenisitas (faktor virulensi) yang berguna untuk adaptasi bakteri terhadap lingkungan ekologis spesifik atau interaksi bakteri dengan tanaman inang. Salah satu faktor virulensi yang disandikan oleh gen di dalam PAI adalah protein-protein yang terkait dengan sistem sekresi tipe III (T3SS) dan protein efektornya seperti protein Avr. ● Tidak stabil dan mudah ditransfer secara horizontal (horizontal gene transfer, HGT) ke sel bakteri lain
● Distribusinya diskontinyu di dalam spesies bakteri
● PAI memiliki GC content relatif rendah bila dibandingkan dengan bagian lainnya dari genom bakteri tersebut
● Terkait dengan elemen genetik yang bersifat mobile (misalnya insertion sequence-IS, transposon-Tn, …) dan sekuen berulang (repeated sequences)
● PAI pada beberapa bakteri dapat juga mengandung gen tRNA dan/atau gen-gen untuk integrase dan transposase
Sebagai contoh adalah Hrp PAI dari P. syringae. Struktur Hrp PAI dari P. syringae terdiri dari tiga bagian, yaitu T3SS yang diapit oleh dua wilayah yang membawa gen-gen efektor. Wilayah kanan bersifat relatif lestari (conserve) dalam hal ukuran maupun gen content diantara spesies P. syringae sehingga disebut CEL (conserved effector locus), sedangkan wilayah kiri sangat bervariasi sehingga dinamakan EEL (exchangeable effector locus).
Tidak ada komentar:
Posting Komentar